Todo vuelve a girar en torno a ese ente atemporal, incorpóreo y fantasmal que es Alma. Una niña (o mujer) que busca nuevas presas en su ansia de venganza, y se ha fijado en nuestro protagonista, Michael Becket. La historia de nuestro hombre comienza con una visión en la que atraviesa una ciudad en ruinas, siguiendo a la fantasmagórica Alma entre los escombros; despierta en el furgón de su unidad, con sus compañeros, camino a su misión: arrestar a Genevieve Aristide. Esto acontece, aproximadamente, media hora antes del final del primer F.E.A.R., y al final del primer acto del juego seremos testigos de las consecuencias de lo acontecido al terminar dicho juego.

Por su parte, los enemigos presentarán una IA competente, muy convincente, con rutinas en las que dan prioridad a asegurar el área y buscar cobertura. Saben cubrirse muy bien, tienen un gran número de habilidades tanto con armas de fuego como físicas, toman decisiones inteligentes para flanquearnos, y actúan con lógica en todo momento.

El sonido ambiente juega un papel importante a la hora de crear esta ambientación, y por lo general nos encontramos con grandes pistas de audio, que aumentan de intensidad en los momentos clave, que reproduce con acierto los enfrentamientos armados. Logra que nos preguntemos qué han sido esos sonidos lejanos, o que reaccionemos ante los efectos sonoros de las criaturas más terroríficas que nos encontraremos.