BioShock 2 tendrá lugar 10 años despues de los eventos de BioShock, donde el jugador tomará el rol del primer Big Daddy llamado "El Sujeto Delta".
Este Big Daddy, al haber sido un prototipo para los demás es mas rapido, mas agil, tiene la capacidad de actuar bajo su propia voluntad y usar plásmidos; El fue también el primer Big Daddy al que exitosamente se le vínculo con una "Little Sister", llamada Eleannor quien se convierte en uno de los argumentos principales del juego.

Además, gracias a su escafandra, podrá salir de las instalaciones de Rapture para explorar las afueras.
Tendrá un nuevo enemigo principal, Sofia Lamb una ex psiquiatra y antigua rival politica de Andrew Ryan, se ha hecho con el control total de Rapture con una ideologia basada en el colectivismo tambien ha formado una religion propia la "Familia Rapture" consiguiendo poder haciendo que más y más splicers se unan, pretendiendo regresar a Rapture a su antiguo orden y para mantenerlo así ha creado su fuerza especial las "Big Sisters".
Las Big Sisters son antiguas Little Sisters que fueron rescatadas en el BioShock original, y para evitar la escacez de ADAM las ha enviado a robar niñas de la superficie para convertirlas en Little Sisters.

Las Big Sisters tendrán un aspecto alto, delgado, tipo traje de buzo, con su peculiar escafandra con un solo ojo rojo, también serán los enemigos más rápidos y los que ataquen con más factor de sorpresa.
También aparece un nuevo tipo de Big Daddy, el "Rumbler" equipados con un lanza proyectiles en el hombro y tambien lanzan mini-torretas serán más rápidos pero menos resistentes al daño que los otros Big Daddies.
Los Splicers serán menos humanos que antes y agregando un nuevo tipo el "Brute", Splicers de primera generación que han tomado un mounstroso tamaño y fuerza al haber consumido enormes cantidades de ADAM posiblemente matando Splicers más débiles para luego devorarlos.